Linux下安装Madagascar

Madagascar 是与Seismic_Unix 以及 SEPlib 差不多的一套东西。

依赖

需要添加 EPEL 源和 Nux Dextop 源支持。

$ sudo yum install -y epel-release
$ sudo rpm -Uvh http://li.nux.ro/download/nux/dextop/el7/x86_64/nux-dextop-release-0-5.el7.nux.noarch.rpm

基础依赖包

$ sudo yum install gcc libXaw-devel python

值的注意的是，Madagascar只支持Python2

核心及开发依赖

$ sudo yum install gcc-c++ gcc-gfortran       # c++和fortran
$ sudo yum install python-devel swig numpy    # Python API
$ sudo yum install java     # Java API

要用到MATLAB API的话，自然得安装MATLAB

图形和可视化

$ sudo yum install libtiff-devel libjpeg-turbo-devel
$ sudo yum install freeglut freeglut-devel  # opengl
$ sudo yum install netpbm netpbm-devel      # ppm support
$ sudo yum install gd gd-devel              # PNG support
$ sudo yum install plplot plplot-devel      # plplot support
$ sudo yum install ffmpeg ffmpeg-devel      # need nux-dextop support
$ sudo yum install cairo cairo-devel        # cairo support

分别为X11 graphics, vplot2gif, TIFF, JPEG, PLplot, OpenGL和ppm支持

数值依赖包

$ sudo yum install blas blas-devel atlas atlas-devel lapack lapack-devel
$ sudo yum install fftw fftw-devel
$ sudo yum install suitesparse suitesparse-devel    # 稀疏矩阵库

mpi环境的安装可以参看 CentOS7安装及配置中的并行计算部分

其他

Seismic_Unix
CurveLab, PyCurveLab

安装

添加环境变量

将以下语句加入 ~/.bashrc 或 ~/.zshrc 中

export RSFROOT=/opt/rsf # 安装位置
source ${RSFROOT}/share/madagascar/etc/env.sh

编译安装

稳定版

Download the source code distribution from Sourceforge

$ tar jxvf madagascar-1.7.tar.bz2
$ cd madagascar-1.7
$ ./configure --preifx=/opt/rsf API=f90,python,matlab
$ make
$ sudo make install

最新版

直接从 GitHub 克隆下来：

$ git clone https://github.com/ahay/src.git RSF_SRC
$ cd RSF_SRC
$ ./configure --preifx=/opt/rsf API=f90,c++,python,matlab
$ make
$ sudo make install

卸载

清除所有中间文件和安装文件

$ scons -c install

或者在源码文件夹中

$ make distclean

测试

$ sfspike n1=1000 k1=300 | sfbandpass fhi=2 phase=y | \
    sfwiggle clip=0.02 title="Welcome to Madagascar" | sfpen

不出错且出现如下图形即安装成功

出现的问题及解决方案

BLAS

即使安装了blas blas-devel lapack lapack-devel，在./configure时还有如下提示：

checking for BLAS ... no
checking for LAPACK ... no

查看 config.log 后发现其利用的是 cblas，而在CentOS7中cblas为 atlas 包的一部分，这样在调用cblas中的函数时，默认情况下在编译时需加上-I/usr/include来包含cblas.h，链接时，则需加上-L/usr/lib64/atlas -lsatlas或者-L/usr/lib64/atlas -ltatlas。其中,s表示single;t表示multi-threaded。

有了如上信息，我们可以有如下两种解决方案：

自己创建一个cblas库文件

这种方法是在不修改Madagascar源文件的前提下进行的。

第一步，将satlas或tatlas库软链接成cblas库：

$ sudo ln -s /usr/lib64/atlas/libsatlas.so /usr/lib64/libcblas.so

第二步，./configure时侯，加上BLAS=cblas

$ ./configure --preifx=/home/pzhang/src.import/rsf API=f90,c++,python,matlab BLAS=cblas

修改`framework/configure.py`

打开framework/configure.py文件，找到check_all(context)函数，可以发现其调用blas(context)来对BLAS库进行检查，再定位到blas(context)函数，修改以下语句：

# Line 1014
LIBS.append('f77blas')
LIBS.append('cblas')
LIBS.append('atlas')

# Line 1066
mylibs = ['f77blas','cblas','atlas']

为：

#LIBS.append('f77blas') # 因为CentOS7系统上blas库都集成到atlas中了
#LIBS.append('cblas')
LIBS.append('satlas')

#mylibs = ['f77blas','cblas','atlas']
mylibs = ['satlas']

上面两种方法任取一种即可！

plplot

在安装了plplot和plplot-devel后，configure时plplot仍然是 no。

同样的，我们查看config.log可以发现是在链接时找不到名为ltdl的库。

$ ls /usr/lib64 | grep ltdl
libltdl.so.7
libltdl.so.7.3.0

也就是说，没有名为libltdl.so 的动态库文件，要解决的话也很简单，找不到库文件我们自己造一个：

$ sudo ln -s /usr/lib64/libltdl.so.7 /usr/lib64/libltdl.so

PS: 类似其他的checking NO 的问题，都可以在config.log中找到原因！

其他可能出现的问题

在研究所里的曙光超算(CentOS5.5 Final, gcc-4.1.2, scons-2.3.1,python2.4)上安装时出现的问题。

在该环境下，直接./configure时，会报如下错误：

checking for C compiler ... (cached) gcc
checking if gcc works ... (cached) no

  Fatal missing dependency
------------------------

Google后发现这个报错是由scons-2.3.1对Python-2.6之前版本存在兼容性问题而导致的。

有如下三种解决办法：

升级Python到较新的版本(2.7)
降级Scons(2.3.0)
编辑 /usr/local/lib/scons-2.3.1/SCons/Node/__init__.py 文件，Line 1004

return list(chain.from_iterable(filter(None, [self.sources, self.depends, self.implicit])))

替代为:

if self.implicit is None:
    return self.sources + self.depends
else:
    return self.sources + self.depends + self.implicit

参考

修订历史

2015-10-26：初稿
2016-07-19：更新存在的问题
2016-10-07：更新问题的解决方案
2016-11-10：添加BLAS库找不到的另一种解决方案
2016-11-14：添加在曙光超算上出现的问题

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